При обновлении товаров в СторМенеджере есть возможность отключить товары, не совпадающие с товарами в csv (подразумевается, что в файле csv товары одного производителя), но это актуально только для магазинов с товарами от одного производителя. А вот для магазинов, в которых имеется несколько производителей, в этом случае будут отключены все товары от других производителей, которые не имеют отношения к csv.
Поэтому для магазинов с товарами от разных производителей, которых сейчас достаточно много, необходимо изменить функционал по обновлению, чтобы обновление и отключение товаров применялось не ко всем товарам в БД, а только к товарам от одного конкретного производителя, товары которого использовались в csv для обновления. Тогда несовпадающие с csv товары будут отключены не у всех подряд производителей, а только у одного из csv.